Verzeichnis der verwendeten Abkürzungen

1  Einleitung

2  Material

2.1  Bakterienstämme
2.2   Plasmide
2.3   Nährmedien
2.4   Antibiotika
2.5   Puffer und Lösungen
2.6   Bezugsquellen für Chemikalien

3   Methoden

3.1   DNA-Isolierung
3.1.1   Isolierung von Gesamt-DNA
3.1.2   Plasmidisolierung im kleinen Maßstab
3.1.2.1   Kurzlysat mittels alkalischer Lyse
3.1.2.2   Kurzlysat mittels 'LiCl-Single-Step' Methode
3.1.3   Plasmidisolierung im großen Maßstab
3.1.3.1   Alkalische Lyse nach Birnboim und Doly
3.1.3.2   Modifizierte Präparation nach Kado und Liu
3.2   Reinigen und Fällung von DNA
3.2.1   Proteinase K -Behandlung
3.2.2   Phenolextraktion
3.2.3   Dialyse
3.2.4   Ethanolfällung
3.3   Absorptionsmessungen
3.4    Enzymatische DNA-Behandlung
3.4.1   Hydrolyse mit Restriktionsenzymen
3.4.2   Dephosphorylierung
3.4.3   ExonukleaseIII - Behandlung
3.4.4   Ligation
3.5   Transformation
3.6   a-Komplementation
3.7   Agarose-Gelelektrophorese
3.8   Elution von DNA aus Agarosegel
3.9   Radioaktive DNA-Sequenzierung mit 35S
3.9.1    Sequenzierreaktionen
3.9.2   Polyacrylamid-Gelelektrophorese
3.9.3   Autoradiographie und Entwicklung des Films
3.9.4   Analyse der Sequenzdaten
3.10   Nachweis von homologen DNA-Sequenzen
3.10.1   Techniken zum DNA-Blotting
3.10.1.1   Southern-Blot
3.10.1.2   Dot-Blot
3.10.2   Herstellen einer DNA-Sonde
3.10.2.1   Markierung mit Digoxigenin-11-dUTP
3.10.2.2   Kontrolle der Sonde
3.10.3   DNA-DNA-Hybridisierung
3.10.4   Detektion


4   Ergebnisse

4.1   Restriktionskartierung des pHD54 im Bereich von 'IS3Ea9'
4.2   Klonierungen für die vervollständigende Sequenzierung des 'IS3Ea9'
4.2.1   Herstellung der Deletionsklone von pJJ5.4HB
4.2.2   Herstellung von pJJ1.4B
4.2.3   Herstellung von pJJ3.8SphA
4.3   Sequenzierung von 'IS3Ea9'
4.3.1   Sequenzierungsstrategie
4.3.2    Sequenzanalyse von Sequenzbereich II
4.3.2.1   Nukleotid- und abgeleitete Aminosäuresequenz
4.3.2.2   Auswertung von Sequenzbereich II
4.3.3   Sequenzanalyse von Sequenzbereich I
4.3.3.1   Nukleotid- und abgeleitete Aminosäuresequenz
4.3.3.2   Offene Leseraster
4.3.3.3   IS-Strukturen
4.3.3.4   Zusammenfassung der Sequenzanalyse
4.4   Vergleichende Untersuchungen auf DNA- und Aminosäureebene mit Merkmalen anderer IS-Elemente der IS3-Familie
4.4.1    IR - 'Inverted Repeats'
4.4.2    ORFA
4.4.3    ORFB
4.4.4   ORFC
4.4.5    Motive für ribosomales 'Frameshifting'
4.4.6    Sequenzhomologie zu Virulenzplasmid pIB1 von Yersinia pseudotuberculosis
4.4.7    Phylogenetische Zuordnung von 'IS3Ea9' in die IS3-Familie
4.5   Vorkommen und Verbreitung von 'IS3Ea9'
4.5.1    Lokalisierung von homologen Bereichen auf pEA9
4.5.2    Vorkommen von homologen Bereichen in der Gattung Enterobacter


5    Diskussion

6    Zusammenfassung

7   Literaturverzeichnis

8    Danksagung




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